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Nach seiner Lehre in Hoch und Tiefbau bei der Firma E.Mattern in Heidenheim und einer Lehre zum Bauzeichner im Büro Weik, fing Werner Schellenberg 1962 an der Staatsbauschule in Stuttgart an Bauingenieurswesen zu studieren. Mit der ersten Vorstaatsprüfung studierte er anschließend an der Staatlichen Hochschule für Bildende Künste in Berlin Architektur und Städtebau. Von der Studienstiftung des deutschen Volkes erhielt er 1968 die Auszeichnung für Bestleistung im Fach Stadtplanung.

Er war von 1971 bis 1976 wissenschaftlicher Assistent und Lehrbeauftragter an der Technischen Universität in Berlin am Lehrstuhl für Architektur zum Thema Planen und Bauen in Entwicklungsländern.

Schellenberg gründete zusammen mit Eckart Bauer und Wolfgang Neumann 1977 die Arbeitsgemeinschaft Planung und Forschung in Entwicklungsländern APFELGmbH in Berlin und war von 1978 bis 1987 in Malawi als Architekt im Präsidialbüro für das Rural Growth Centre Project tätig.

Nach Aufbaustudiengängen zum Thema Emergency Management an der University of Wiskonsin am Madison College begann er 1988 für den UNHCR (United Nations High Commissioner for refugees) zu arbeiten. Der Hohe Flüchtlingskommissar der Vereinten Nationen steht an der Spitze internationaler Hilfsmaßnahmen zum Schutz von Flüchtlingen und zur Lösung von Flüchtlingsproblemen auf der ganzen Welt. Zu den Hauptaufgaben gehört der Schutz der Rechte und des Wohlergehens der Flüchtlinge.

Zunächst arbeitete Schellenberg in Malawi, wo 1.2 Mio Flüchtlinge aus Mozambique in 15 Camps aufgenommen wurden. Später war er für die Rücksiedelungsprogramme nach Mozambique verantwortlicher Leiter. Er arbeitete als deutscher Vertreter für die Welthungerhilfe in Angola und ab 1999 für den UNHCR in Pristina/Kosovo und Skopje/Macedonien.

Nach weiteren Engagements in Malawi für die UNICEF war Werner Schellenberg 2005 als Planer und Koordinator in Kashmir/Pakistan nach dem Erdbeben für die sofortigen Schutzmaßnahmen und Behelfsbauten verantwortlich.

2008 war er der Berater für das Ministerium für Flüchtlinge und Rücksiedelung in Kabul, Afganistan.

Als Leiter der technischen Hilfswerks der UNHCR hat er zwischen 2010 und 2012 in Peschawar, Pakistan für 16.000 Menschen Übergangsschutzräume und für 14.000 Geflüchtete dauerhafte und temporäre Behausung geschaffen.

2012-2014 war Schellenberg Koordinator und technischer Leiter für das Aufnahmelager in Amman, Jordanien. Er hatte sämtliche strategischen und baulichen Planungsaufgaben für das Errichten der Zeltstadt für 200.000 Menschen zu verantworten, dazu gehörten die Koordinierung, Budgetierung und Kommunikation mit den Behörden und Baufirmen vor Ort und die Koordinierung von 9 nationalen und internationalen Ingenieuren und Architekten.

2014 unterstützte Schellenberg in Genf als Shelter and Settlement Expert der UNHCR die Implementierung globale Strategien für Behausung und Siedlung in einen Masterplan und die Entwicklung der „Out of Camp“ Initiative.

Nach dem Erdbeben von Juni bis September 2015 arbeitete Schellenberg als Experte für Unterkunft und Siedlungsbau der UNHCR in Kathmandu, Nepal.

Sein Lebenslauf ist wie kaum ein anderer mit den politischen und ökologischen Weltereignissen eng verknüpft.